Lapa é uma laje de pedra, gruta ou caverna na encosta. E o nome do bairro veio justamente por causa de uma imagem de Nossa Senhora da Lapa que se tornou referência do local.

As origens da Lapa remontam aos primórdios do povoamento de São Paulo de Piratininga. A primeira notícia sobre a região é de 1581, quando os jesuítas receberam uma sesmaria junto ao Rio Emboaçava, depois chamado Pinheiros. Entre os imóveis da então denominada paragem do Emboaçava, a partir dos meados do século XVIII destacou-se a "fazendinha da Lapa", vizinha aos sítios da Água Branca, Mandi, Emboaçava e Tabatinguá. Em 1743 os jesuítas deixaram a região. Em 1765, toda a paragem de Emboaçava continha apenas 5 casas com 31 habitantes.

Em 1805, período de incremento da produção de cana de açúcar, todo o movimento de tropas da rota que ligava a Vila de Itu a São Paulo e litoral foi desviado em razão das péssimas condições da ponte sobre o Rio Pinheiros. Aproveitou-se, então, a comodidade da ponte do Sítio do Coronel Anastácio de Freitas Troncoso.

Na Segunda metade do século passado, São Paulo começou a viver o apogeu da economia cafeeira. Nessa época, o centro de produção de café transferia-se do Vale do Paraíba para a região de Campinas. Visando o escoamento do café para o mercado externo, foi fundada em 1860 a "Association of the São Paulo Railway Co. Ltda".
Em 1867 foi inaugurada a estrada de ferro ligando Santos a Jundiaí, que passava por São Paulo, com algumas estações intermediárias. No lado oeste da cidade, a única estação implantada era a de Água Branca, local de cruzamento dos caminhos que ligavam a cidade à Freguesia do Ó, Pinheiros e Campinas. Pouco depois da inauguração, o trem também passou a fazer uma parada simples, próximo à ponte do sítio do Coronel Anastácio, para atender a população do então incipiente bairro da Lapa.

Sendo pólo urbano de ligação entre os bairros e municípios da Zona Oeste, a Lapa viu crescer um comércio que se tornou um dos mais importantes da cidade. A partir de 1943, com a inauguração da rodovia Anhanguera, o bairro sofreu grandes transformações, acelerando-se novamente o crescimento comercial.
Em 1954 foi criado o Mercado Municipal no mesmo local onde se realizava a maior feira livre da capital. Em 1966 surgiu o CEASA - Atual CEAGESP - na Vila Leopoldina e, em 1968, foi inaugurado na Rua Catão o segundo Shopping Center do município.

O vertiginoso crescimento pelo qual passou o bairro da Lapa nestes últimos 50 anos proporcionou-lhe muitas melhorias, visto ser hoje um dos bairros mais bem servidos de infra-estrutura urbana.
A implantação do Terminal Intermodal da Barra Funda deu ao bairro um novo impulso, trazendo junto consigo a implantação de equipamentos de abrangência metropolitana como, por exemplo, o Memorial da América Latina e a instalação de grandes shopping centers e universidades.